神奈川工科大学

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トーゴーの日シンポジウム2019に発表

本プロジェクトメンバーと(株)フィアラックス社とで共同開発中のVR(バーチャルリアリティ)分子構造共有ソフトウェアMolCollaboを、トーゴーの日シンポジウム2019 ~バイオデータベース:つないで使う~(10/5:東京)にて発表しました。

タンパク質構造データベースから分子構造を仮想空間で可視化する技術の開発

発表者  ○増田恵(神奈川工科大)、井上哲理(神奈川工科大)、上平員丈(神奈川工科大)、棚橋航(フィアラックス)、小池あゆみ(神奈川工科大)

 

要旨       タンパク質分子の立体構造を解析し、作用機構を解明することは、現在のバイオサイエンス研究では基本的で重要なテーマとなっており、疾病に関わるタンパク質の構造情報をもとに薬を設計する創薬戦略は、新しい研究基盤技術として期待されている。これまでは、Protein Data Bank(PDB)に登録されている三次元構造データを3DCG(三次元コンピュータ・グラフィックス)でパソコン画面に表示し、構造情報を得ることが主流である。しかし、タンパク質分子が膨大な数の原子から構成されていることから、CGモデルの表示が複雑なものになり、分子全体の大まかな形を観ることはできるが、分子内部の細部構造を理解するには熟練を要する。今回我々は、高性能HMD(ヘッドマウントディスプレイ)を用いて、PDBデータをライフサイズ(人間サイズ)の仮想空間で表示するソフトウェアを開発した。高性能HMDを用いた仮想空間で標的分子の設計を直感的に行うことができるシステムは、タンパク質分子の三次元構造や構造変化の理解を向上させ、分子設計を容易にするためのデータベース情報の新しい可視化技術として期待できる。

 

トーゴーの日シンポジウム

株式会社フィアラックス

 

トーゴーの日シンポジウム開催趣旨(NBDC HPより)

科学技術振興機構(JST)バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)では、2011年4月よりわが国のライフサイエンス研究を推進するために、データベースをつなげて使いやすくする事業(ライフサイエンスデータベース統合推進事業)を推進しています。この事業の一環として、NBDCでは、ライフサイエンスデータベースに関するサービス提供と研究開発を行ってきました。特に、研究開発においてはこれまで、1)高度なデータベース検索プラットフォームの構築、新しいツールの提供、さらには、生命科学系コンテンツをウェブ上で分散した状態で統合的に扱うための技術開発、2)分野(ゲノム、エピゲノム、プロテオーム、メタボローム、グライコーム等)ごとに産出される情報を網羅的に収集して整理することによって、生命科学のさまざまな領域の知識を集積する生命科学系コンテンツに関するプログラム支援に力を入れてきました。

これらの活動に関する発表を行うと同時に、ライフサイエンス分野のデータ統合に関する課題をともに考え、議論を深めるために、NBDCでは10月5日を「トーゴーの日」として毎年シンポジウムを開催しています。